Covid Italia, contagi ancora in aumento: più casi in Campania, Lombardia e Lazio
Bollettino della settimana dal 25 al 31 luglio. Rt stabile, crescono incidenza e ricoveri. Corre la variante KP.3.1.1, ha causato 3 casi su 10 a luglio
Contagi ancora in aumento in Italia. Nella settimana dal 25 al 31 luglio sono stati segnalati 17.008 nuovi casi di Covid, in aumento del 24% circa rispetto ai 13.672 della settimana precedente. Stabili i morti: 54 contro 53. L'incidenza sale del 26% (da 23 a 29 casi per 100mila abitanti). Un incremento inferiore rispetto al +50% e oltre registrato nel periodo 18-24 luglio sui 7 giorni precedenti. E' quanto emerge dal monitoraggio della cabina di regia ministero della Salute-Istituto superiore di sanità.
L'indice di positività cresce di 3,1 punti percentuali, dal 13,8% al 16,9%.
Regioni con più contagi
Quasi 9mila dei nuovi positivi sono concentrati tra Campania, Lombardia e Lazio, che si confermano le regioni con più casi: rispettivamente 3.071, 2.957 e 2.450. Sotto i 2mila casi le altre regioni/province autonome.
L'incidenza sale a 29 casi per 100mila abitanti, quando era di 23 casi per 100mila abitanti. L'incidenza più elevata è stata riportata nella regione Campania (55 casi per 100mila abitanti) e la più bassa nelle Marche (1 caso per 100mila abitanti)". Quanto all'Rt, "l'indice di trasmissibilità calcolato con dati aggiornati al 31 luglio e basato sui casi con ricovero ospedaliero - prosegue il report - al 23 luglio è pari a 1,19 (1,11-1,28), sostanzialmente stabile rispetto alla settimana precedente (Rt 1,24 al 15 luglio, 1,14-1,35)".
Sul fronte ricoveri, "al 31 luglio l'occupazione dei posti letto in area medica è pari al 3% (1.829 ricoverati) - riporta il monitoraggio - in leggero aumento stabile rispetto alla settimana precedente (2,4% al 24 luglio). In lieve aumento anche l'occupazione dei posti letto in terapia intensiva, pari a 0,6% (55 ricoverati), rispetto alla settimana precedente (0,4% al 24 luglio)".
Il tasso più alto di incidenza settimanale si registra fra gli 80-89enni e gli ultra 90enni, indica il monitoraggio. Il dato è in aumento nella maggior parte delle fasce d'età. L'età mediana alla diagnosi è di 60 anni, stabile rispetto alla settimana precedente. Stabile anche la percentuale di reinfezioni, pari al 48% circa.
Anche i tassi di ospedalizzazione e mortalità sono più elevati nei grandi anziani. Nelle fasce d'età 80-89 anni e over 90 il tasso di ospedalizzazione è rispettivamente pari a 68 e 118 per milione di abitanti (era di 47 e 86 per milione la scorsa settimana), mentre il tasso di ricovero in terapia intensiva è di 1 per milione (stabile) in entrambe le fasce. Il tasso di mortalità è pari a 4 per milione (stabile) fra gli 80-89enni e a 8 per milione (in calo) tra gli over 90.
Corre la variante KP.3.1.1, ha causato 3 casi su 10 a luglio
In Italia corre la variante Covid KP.3.1.1, figlia della KP.3 a sua volta discendente di JN.1. Se a giugno il nuovo mutante di Sars-CoV-2 è stato responsabile di quasi un quinto delle infezioni registrate nel nostro Paese (18,7%, un balzo rispetto all'1,9% di maggio), a luglio sembra essere salito a oltre il 31%. Più di 3 casi su 10 sarebbero quindi riconducibili a KP.3.1.1. "Dati preliminari relativi al mese di luglio 2024 (al 29 luglio) - si legge nel monitoraggio della cabina di regia ministero della Salute-Istituto superiore di sanità - evidenziano la co-circolazione di differenti sotto-varianti di JN.1 attenzionate a livello internazionale. Tra questi, in crescita la proporzione di sequenziamenti attribuibili al lignaggio KP.3.1.1 (a luglio 31,5%), oggetto di monitoraggio internazionale (Vum), caratterizzato dalla delezione del residuo di serina in posizione 31 della proteina Spike".
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Lo studio collaborativo internazionale porta la firma di scienziati di diversi atenei statunitensi ed europei e si basa su una nuova analisi dei dati pubblicati dal Cdc cinese, Centro per il controllo e la prevenzione delle malattie, provenienti da oltre 800 campioni raccolti nel mercato di Huanan e nei dintorni, a partire dall'1 gennaio 2020 e dai genomi virali segnalati dai primi pazienti Covid.
Nell'elenco delle specie da cui secondo il team molto probabilmente ha fatto il salto all'uomo Sars-CoV-2, ci sono diversi sospettati: secondo la ricerca, il virus era presente in alcune delle stesse bancarelle della fauna selvatica venduta al mercato, tra cui cani procioni (piccoli animali simili a volpi con macchie simili ai procioni) e zibetti (piccoli mammiferi carnivori imparentati con manguste e iene).
"Questo - evidenzia Florence Débarre, coautrice corrispondente del Centro nazionale francese per la ricerca scientifica (Cnrs) - è uno dei set di dati più importanti esistenti sull'origine della pandemia di Covid e siamo grati che siano stati condivisi". Lo studio, aggiunge il coautore corrispondente Kristian Andersen dello Scripps Research Institute, "aggiunge un ulteriore livello alle prove accumulate che puntano tutte allo stesso scenario: che gli animali infetti sono stati introdotti nel mercato da metà a fine novembre 2019, il che ha innescato la pandemia". Come si è arrivati a questi risultati. Analizzando i dati raccolti dal Cdc cinese "in modi nuovi e rigorosi", interviene l'altro coautore corrispondente, Michael Worobey dell'Università dell'Arizona.
Le indagini
L'1 gennaio 2020, dopo che gli animali erano stati rimossi e a poche ore dalla chiusura del mercato di Huanan, i ricercatori del Cdc cinese si sono recati nella struttura per raccogliere campioni. Hanno fatto tamponi su pavimenti, pareti e altre superfici delle bancarelle e sono tornati giorni dopo per concentrarsi sulle aree in cui si vendevano animali selvatici, e quindi su gabbie e carrelli usati per spostare gli animali. Infine hanno anche raccolto campioni dagli scarichi e dalle fogne.
Su quei campioni è stato eseguito il sequenziamento metatrascrittomico, tecnica che mira a ottenere tutte le sequenze di Rna (e che può anche raccogliere il Dna) da tutti gli organismi presenti in un campione: virus, batteri, piante, animali, esseri umani. Il team cinese, guidato da Liu Jun, ha pubblicato i propri risultati nel 2023 su 'Nature' e ha condiviso in modalità ad accesso aperto i dati raccolti. Quello che veniva lasciato irrisolto era il nodo delle identità esatte delle specie animali trovate che potrebbero rappresentare plausibili ospiti intermedi. Secondo l'ultima analisi di questi dati condotta dal team internazionale, in alcuni casi il materiale genetico del virus Sars-CoV-2 e degli animali è stato persino trovato sugli stessi tamponi. Le specie sono state identificate tramite la genotipizzazione dei loro genomi mitocondriali nei campioni.
"Molte delle specie animali chiave erano state eliminate prima dell'arrivo dei team del Cdc cinese, quindi non possiamo avere prove dirette che gli animali fossero infetti", afferma Débarre. "Stiamo osservando i 'fantasmi' del Dna e dell'Rna di questi animali nei campioni ambientali, e alcuni si trovavano in stand in cui è stato trovato anche il virus. Questo è ciò che ci si aspetterebbe di vedere in uno scenario in cui ci fossero stati animali infetti nel mercato". Tra l'altro, fa notare Worobey, "questi sono gli stessi tipi di animali che sappiamo aver facilitato il passaggio del coronavirus Sars originale agli esseri umani nel 2002. La cosa più rischiosa che si può fare è prendere animali selvatici che pullulano di virus e poi metterli a contatto con esseri umani che vivono nel cuore di grandi città, la cui densità di popolazione rende facile per questi virus prendere piede".
Potrebbe essere successo proprio questo nel 2019. Il team internazionale ha anche eseguito un'analisi evolutiva dei primi genomi virali riportati, comprese queste sequenze ambientali, e ha dedotto i genotipi progenitori più probabili del virus che ha infettato gli esseri umani e portato alla pandemia di Covid. I risultati implicano che ci fossero pochissime persone infettate, se non nessuna, prima del focolaio nel mercato.
Gli animali 'sospettati'
Attraverso la nuova analisi si è arrivati alla short list di specie animali presenti nel mercato umido e trovate contestualmente a campioni virali, che potrebbero rappresentare gli ospiti intermedi più probabili per Sars-CoV-2: il comune cane procione, specie suscettibile al virus e nota per aver portato la Sars nel 2003, è l'animale geneticamente più abbondante nei campioni delle bancarelle, e poi è stato trovato in una bancarella con Rna di Sars-CoV-2 del materiale genetico di civette delle palme mascherate, anch'esse associate alla precedente epidemia di Sars. Anche altre specie come il ratto del bambù e i porcospini malesi sono state trovate presenti in campioni positivi a Sars-CoV-2, così come una moltitudine di altre specie.
Gli esperti sottolineano l'importanza di comprendere le origini della pandemia di Covid, anche ora che è alle spalle, soprattutto alla luce di altri recenti 'spillover', salti di specie come quello che ha portato negli Usa alla diffusione del virus dell'influenza aviaria nei bovini. "C'è stata molta disinformazione" sulle radici di Sars-CoV-2, conclude Worobey. Capire queste dinamiche può avere un peso, a suo avviso, per la sicurezza nazionale e la salute pubblica. "La verità - chiosa - è che da quando la pandemia è scoppiata più di 4 anni fa, nonostante ci sia stata una maggiore attenzione al tema della sicurezza in laboratorio, non è stato fatto molto per ridurre la possibilità che uno scenario perfetto per una zoonosi si verifichi di nuovo".
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